意见提出，第一阶段由住房和城乡建设部、国务院纠风办、监察部、财政部、中国人民银行、审计署、银监会七部门组成全国加强住房公积金管理专项治理工作领导小组，负责协调研究专项治理工作的重大问题和制度建设。各省、自治区、直辖市成立相应工作机构，具体负责本地区专项治理工作；各设区城市专项治理工作由城市人民政府负责，市住房公积金管委会要协助当地政府做好专项治理工作。
第二阶段进行自查自纠、边查边改。各级住房公积金监管机构、设区城市公积金管委会和公积金中心等单位，要根据国家政策法规和本方案要求，制定自查自纠工作方案，明确工作任务、要求和措施。要认真查找问题，深入分析原因，边查边改。对普遍存在的政策性问题及其他重大问题要向上级监管部门报告；对查处的严重违纪违法案件要及时向全国专项治理办公室报告。
第三阶段进行监督检查、推进整改。各省、自治区、直辖市专项治理工作机构，要针对各地自查自纠情况和群众举报投诉反映的问题进行明察暗访，加强监督检查，帮助各地完善相关制度，堵塞管理漏洞；对存在的问题，要及时下达整改意见书，责令限期整改；对整改仍不合格的，要予以通报批评；对拒不整改或问题严重的，要追究相关责任人的责任。
第四阶段是总结分析、巩固成果阶段。各地区要通过专项治理工作，注意总结、推广住房公积金管理中好的做法和经验；针对查找出的问题，进一步健全、完善制度，逐步建立起加强住房公积金管理的长效机制。